По истечении трудового договора, в трудовой книжке работника сделана запись, в которой прекращение трудового договора объяснено истечением его срока. Правомерна ли такая запись в плане того что в словосочетании Трудовой Кодекс не применено выражение Российской Федерации?

На основании указанной статьи ТК РФ трудовые отношения действительно истекают на основании прекращения срока действия договора. Исключением являются случаи, когда трудовые отношения продолжены, и не одна из двух сторон не требует их прекращения.
В соответствии с Правилами ведения и хранения трудовых книжек, в трудовой книжке осуществляется запись об увольнении, в которой указывается ссылка на соответствующий пункт, соответствующей статьи.
Подобные же указания содержаться и в Инструкции о правилах заполнения трудовых книжек, (Постановление Минтруда № 69).В примерах которых даны четкие указания на прописание в выражении «Трудовой Кодекс Российской Федерации», выражения «Российской Федерации».
Из этого примера видно, что, в инструкциях даны прямые указания на использование в словосочетании Трудовой кодекс Российской Федерации выражения «Российской Федерации».
Отсюда видно, что, сделанная запись в конкретном случае нарушает инструкции и правила и является нарушением. За данное нарушение, которое характеризуется, как неправильное заполнение трудовой книжки предусмотрена ответственность (ст. 5.27 КоАп РФ).